El museo se encuentra ubicado en la Zona Típica Plaza Muñoz Gamero de la ciudad de Punta Arenas. El inmueble fue declarado Monumento Histórico (MH) el año 1974 y recién el año 1984 fue ocupado por el Museo de la Patagonia creado el año1969, cambiando su denominación a Museo Regional de Magallanes.
